兼業でパートを掛け持ちしていると、年末が近づくにつれて「年末調整はどこでやるのか」「副業分は申告しなくてよいのか」「源泉徴収で引かれた税金は戻るのか」といった疑問が出やすいです。
結論から言うと、年末調整は原則として主たる勤務先1社で行い、それ以外の勤務先分は条件により確定申告で精算します。
さらに令和7年（2025年）分以降は基礎控除の拡大により、いわゆる年収の非課税枠が103万円から160万円に見直されました。
制度変更の影響で、パート・アルバイトの方でも源泉徴収された所得税が還付される場面が増えると考えられます。
年末調整は「主たる勤務先」1社で行うのが原則です
兼業（ダブルワーク、副業）で複数のパート先がある場合でも、年末調整は主たる勤務先（本業、給与額が多い勤務先など）の1社のみで実施されます。
年末調整の対象となるのは、原則としてその勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している従業員さんです。
一方、副業先（従たる勤務先）では年末調整をしない運用が基本で、源泉徴収は「乙欄」になりやすい点に注意が必要です。
そうなる理由は「申告書」と「税額精算の仕組み」にあります
「扶養控除等申告書」を出した先だけが年末調整の中心になります
年末調整は、毎月の源泉徴収で概算的に差し引かれた所得税を、年末に1年間の給与・控除を確定させて精算する手続きです。
この精算を行う前提として、勤務先は従業員さんから提出された「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」をもとに、扶養控除や基礎控除等を反映させます。
そのため、複数勤務先すべてで年末調整を行う設計にはなっていません。
副業の給与が年間20万円を超えると確定申告が必要です
主たる勤務先で年末調整をしていても、副業先からの給与収入が年間20万円を超える場合、原則として確定申告が必要です。
確定申告では、主たる勤務先・副業先のすべての源泉徴収票を合算し、1年分の税額を正しく計算して精算します。
申告が漏れると、状況により延滞税などのリスクが生じる可能性があります。
令和7年分以降は「非課税枠160万円」へ見直しです
最新動向として、令和7年（2025年）分の年末調整から、基礎控除が48万円から95万円に拡大されました。
給与所得控除65万円と合算した、いわゆる年収の非課税枠は103万円から160万円に引き上げられています。
これにより、これまでよりも幅広い年収帯で「源泉徴収で税金が引かれていたが、年末調整や確定申告で戻る」というケースが増えると考えられます。
また、令和8年1月以降は、月給10万5,000円以上で源泉所得税が発生しやすくなるとされており、還付の機会が増加傾向と説明されています。
複数の勤務先で年末調整してしまった場合も修正できます
「副業先でも年末調整をされてしまった」「申告書の提出先を誤った」といったミスが起きることもあります。
この場合でも、確定申告で正しい税額に修正することが可能です。
確定申告の期間は原則として2月15日〜3月15日で、税務署のe-Tax利用が推奨されています。
よくあるケースで確認する兼業パートの年末調整
ケース1：本業1社で年末調整、副業は20万円以下
たとえばA社（主たる勤務先）とB社（副業先）でパートをしており、A社に扶養控除等申告書を提出して年末調整を受けるケースです。
B社の給与収入が年間20万円以下であれば、原則として確定申告が不要となる場面があります。
ただし、他の事情（医療費控除を受けたい等）がある場合は申告した方が有利になる可能性があります。
ケース2：副業の給与が20万円超で確定申告が必要
A社で年末調整をしても、B社の給与収入が年間20万円を超える場合は、原則として確定申告が必要です。
このときは、A社・B社それぞれの源泉徴収票をそろえ、年間の給与所得を合算して税額を精算します。
「年末調整をしたから副業分は関係ない」とはならない点が重要です。
ケース3：扶養控除等申告書を出していないため年末調整されない
「申告書を出していない」「短期の勤務で年末時点で在籍していない」などの事情で、年末調整の対象外になることがあります。
この場合、源泉徴収で所得税が差し引かれているなら、確定申告で還付を受けられる可能性があります。
特に扶養内で働く従業員さんは、申告書の提出有無で手取りや還付の結果が変わり得ます。
ケース4：副業先でも年末調整されてしまった
本来は主たる勤務先1社で年末調整すべきところ、副業先でも年末調整が行われると、控除の重複などにより税額計算が不整合になる可能性があります。
この場合は、確定申告で全体を一本化して計算し、過不足を精算する対応が一般的です。
まとめ：兼業パートは「年末調整1社＋必要なら確定申告」で整理します
兼業でパートを掛け持ちする場合、年末調整は原則として主たる勤務先1社で行われます。
年末調整の対象は「扶養控除等申告書」を提出している従業員さんが中心です。
副業先の給与収入が年間20万円を超える場合は、原則として確定申告で全収入を合算し、税額を精算します。
また、令和7年分以降は基礎控除の拡大により非課税枠が160万円へ見直され、令和8年1月以降は月給10万5,000円以上で源泉徴収が発生しやすいとされます。
制度変更により、還付の機会が増える可能性がある点も押さえておくと安心です。
迷ったら「源泉徴収票の回収」と「申告要否の確認」から始めてみてください
兼業パートの税金は、やることが多いというより「整理の順番」が重要です。
まずは勤務先ごとの源泉徴収票を確実にそろえ、主たる勤務先に扶養控除等申告書を提出できているか確認するとよいです。
そのうえで、副業の給与収入が年間20万円を超えるか、年末調整の誤りがないかを点検すると、確定申告が必要かどうか判断しやすくなります。
不明点が残る場合は、e-Taxの案内や税務署の相談窓口、税理士さん等の専門家に確認することも選択肢になります。
